Abstract
Fundo
Vinte variantes genéticas comuns têm sido associados com risco de desenvolver cancro colorectal (CRC) no genoma ampla associação estudos até à data. Dado que existem grandes diferenças entre as populações, generalização dos resultados para qualquer população específica deve ser confirmado
Objectivo
O objetivo deste estudo foi realizar um estudo de associação entre variantes de risco:. Rs10795668, rs16892766 , rs3802842 e rs4939827 e risco de CRC na população croata.
Métodos
Um estudo de associação foi realizada em 320 casos de câncer colorretal e 594 controles recrutados na Croácia. Foram genotipados quatro variantes previamente associados com CRC:. Rs10795668, rs16892766, rs3802842 e rs4939827
Resultados
rs4939827 variantes SMAD7 (18q21.1) foi significativamente associada com o risco de CRC na população croata. alelo C foi associado com um risco diminuído, odds ratio (OR): 0,70 (IC 95%: 0,57-0,85, P = 3.5E-04). Em comparação com homozigotos TT, o risco foi reduzido em 34% em heterozigotos (OR = 0,66, 95% CI: 0,47-0,92) e de 52% nos homozigotos CC (OR = 0,48, 95% CI: 0,33-0,72)
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Conclusão
Nossos resultados mostram associação de rs4939827 com o risco de câncer colorretal em população croata. A maior força da associação em comparação com outros estudos sugere que fatores ambientais ou genéticos específicos da população pode estar alterando a associação. Mais estudos são necessários para descrever ainda mais o papel de rs4939827 no CRC. razão provável para a falha de replicação para outros 3 loci é poder estudo inadequado
Citation:. Kirac I, Matošević P, Augustin G, Šimunović I, Hostić V, Zupancic S, et al. (2013) rs4939827 SMAD7 variante está relacionada com Colorectal Cancer Risk em croata População. PLoS ONE 8 (9): e74042. doi: 10.1371 /journal.pone.0074042
editor: Xiaoping Miao, MOE chave do Laboratório de Ambiente e Saúde, Escola de Saúde Pública, Tongji Medical College, Huazhong Universidade de Ciência e Tecnologia, China
Recebido: 29 de maio de 2013; Aceito: 24 de julho de 2013; Publicação: 16 de setembro de 2013
Direitos de autor: © 2013 Kirac et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados
Financiamento:. Os autores não têm apoio ou financiamento para relatar
Conflito de interesses:. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes
Introdução
O câncer colorretal (CRC) afeta mais de um milhão de pessoas. por ano no mundo [1]. Ele é o terceiro câncer mais comum e quarta principal causa de mortalidade por câncer [2]. Enquanto a mortalidade por câncer colorretal tem vindo a diminuir ao longo das duas últimas décadas na Europa [3], um aumento na mortalidade e incidência tem sido relatado para a Croácia [4]. Quando comparado com outros países europeus, a Croácia está classificada 4
th de mortalidade tanto em homens (taxa idade-padronizados, ASR: 25,4 /100.000) e mulheres (ASR: 13,1 /100.000), mas de acordo com CRC incidência é classificado 9
th nos homens (ASR: 44,4 /100.000) e 15
th em mulheres (ASR: 24,3 /100.000) [5]. O câncer colorretal é o segundo tipo de câncer mais comum e segunda causa mais comum de morte por câncer na Croácia [6]. Programas de rastreio foram iniciadas a nível nacional em 2005, o seu impacto ainda é esperado [7].
Estima-se que mais de 30% da variação na susceptibilidade câncer colorretal é atribuível a fatores genéticos e maioria dos isto parece ser devida a mutações múltiplas de baixo risco [8]. Até à data, os estudos de associação do genoma (GWAS) identificaram 20 polimorfismos de nucleotídeo único independentes (SNP) associados com o risco de câncer colorretal [9-15].
Sabe-se que a contribuição de alelos de risco ao risco de CRC pode variar entre populações, por exemplo, devido ao desequilíbrio de frequências alélicas ou (LD) estrutura de ligação específico, ou por razões especiais de fundos genéticos e ambientais podem modificar o efeito das variantes [16,17]. Compreender os efeitos diferenciais em diferentes populações podem auxiliar na descoberta mecanismo da doença, e é importante para a tradução dos resultados arriscar previsão em diferentes populações.
O papel dos loci de risco na ocorrência de câncer colorretal é largamente inexplorado na população croata. Neste trabalho, nós nos propusemos a investigar o papel do loci de quatro riscos:. Rs4939827, rs10795668, rs3802842 e rs16892766, no risco de câncer colorretal em população croata
Métodos
No período de novembro de 2008 a julho de 2009, um total de 338 casos de cancro colorectal foram recrutadas em departamentos de cirurgia em dois hospitais em Zagreb, Croácia. Embora ambos estão localizados em Zagreb, estes hospitais terciários atrair pacientes de todo o país. Dados sobre a idade no momento do diagnóstico, sexo, histologia do tumor e TNM fase foram coletados a partir dos prontuários dos pacientes CRC e laudos histopatológicos. Dezoito casos foram excluídos da análise porque o diagnóstico de adenocarcinoma não foi confirmada no relatório de exame histopatológico. Metástases identificadas no intra-operatório ou confirmado por métodos de imagem foram consideradas na avaliação de progressão da doença. casos de cancro colorectal foram classificados em estágios de acordo com a Comissão Interamericana conjunta sobre Câncer (AJCC) 7ª edição [18].
594 controles foram selecionados de estudo os ’10, 001 Dálmatas ‘, um estudo genético em curso na Croácia. Este estudo inclui aproximadamente três mil pessoas da população geral de Split e de Vis e Ilhas de Korcula em Croatia. Os controles foram escolhidos aleatoriamente, mas com restrições quanto à idade (+/- 5 anos) e sexo. Os participantes com história pessoal de doença maligna foram excluídos do grupo de controle.
Foi obtido consentimento informado por escrito de todos os participantes. O estudo foi aprovado pelos comitês de ética apropriadas: Comitê da Universidade de Split Medical School e Conselho de Ética da milosrdnice University Hospital Center Sestre Ética
No recrutamento, amostra de sangue periférico foi coletado de cada sujeito e armazenados. em frascos revestidos de EDTA. O ADN foi extraído utilizando procedimentos padrão. Em casos, as variantes rs4939827, rs3802842, rs10795668 e rs16892766 foram genotipados usando o TaqMan SNP Genotyping Assay. Amostras de DNA de controles foram genotipados de acordo com as instruções do fabricante sobre microarrays talão Illumina Infinium SNP (HumanHap300v1 ou HumanCNV370-Quad). Os genótipos foram determinados utilizando software Illumina BeadStudio. Foram excluídas as amostras com uma taxa de chamada abaixo de 97%. rs4939827 e rs3802842 variantes e foram representados na matriz e directamente genotipados enquanto rs10795668 e rs16892766 foram imputados. Imputação com referência à HapMap CEU construir 36 Release 22 foi realizada utilizando o v1.0.15 MACH software após exclusão de SNP com MAF 0,01, chamar taxa de 98% e HWE desvio p 10-6. qualidade de imputação foi de 99% para rs10795668 e 98% para rs16892766.
Análise Estatística
software R foi utilizado para análises e pacote de R GenABEL foi usada para manipulação de dados genéticos. χ
2 teste foi utilizado para avaliar desvios de Hardy-Weinberg. análise de regressão logística ajustada por idade e sexo do CRC na dosagem alelo (0, 1 ou 2) foi realizada para avaliar a associação entre quatro variantes e risco de cancro colo-rectal, sob a suposição de aditivo modelo genético. testes múltiplos corrigido
P
-valor de
P Art 0,0125 foi considerado representativo de significância estatística.
Resultados
Um total de 320 (40% do sexo feminino) casos de câncer colorretal e 594 do sexo feminino (45%) controles foram incluídos neste estudo. A idade média dos casos foi de 68,91 ± 10,08 y e de controles de 66,12 ± 10,23 y. Onde local do tumor era conhecido, 56% dos casos tinha câncer de cólon e 44% tinham tumor rectal ou rectosygmoid. Maioria dos casos tinham doença em estágios AJCC 2 e 3 (33% e 42%, respectivamente). As características dos casos e controles estão detalhados na Tabela 1.
Casos
variável controla
número
320 (35%)
594 (65%) Sexo seguro
Male192 (60%) 324 (55%) Female128 (40%) 270 (45%) Idade (anos) 68,91 ± 10.0866.12 ± 10.23AJCC stageI56 (18%) II107 (33 %) III134 (42%) IV21 (7%) desconhecidos2 (1%) Total320 (100%) SiteColon128 (40%) rectosigmoid7 (2%) Rectum94 (29%) unknown91 (28%) Total320 (100%) O tamanho do tumor ( cm) 5.0 ± 2.1range (nós cm) 1-13Lymph
aSampled15 (IQR: 14-19) positivo (%) 5 (IQR: 0-27) positivo (%, se 0 positivo) 27 (IQR: 12- 49) Tabela 1. Características da população do estudo.
aonly casos com 12 ou mais linfonodos amostrados estão incluídos (n = 156) CSV Baixar CSV
Todos os quatro variantes conformados com o equilíbrio de Hardy-Weinberg. Na amostra inteiras (casos e controles) freqüência do alelo do alelo T foi 49,55%. No modelo de regressão logística, encontramos associação estatisticamente significativa entre rs4939827 e risco de CRC. A proporção de cada um dos genótipos rs4939827 CC, CT e TT era de 29%, 49% e 22% nos controlos, respectivamente, e 21%, 47% e 32% nos casos, respectivamente. alelo C foi associado com um risco diminuído, odds ratio (OR) foi de 0,70 (IC 95%: 0,57-0,85, P = 3.5E-4). Em comparação com homozigotos TT, o risco foi significativamente reduzida em 34% em heterozigotos (OR = 0,66, 95% CI: 0,47-0,92) e de 52% nos homozigotos CC (OR = 0,48, 95% CI: 0,33-0,72) (Tabela 2 ).
SNP
genótipos
casos
controles
efeito alelo
OU
95% CI:
P
rs10795668AA/AG/GG34/123/14848/276/270A0.990.80-1.230.93unknown150rs16892766AA/AC/CC248/42/1502/86/6A1.060.73-1.540.74unknown290rs3802842AA/AC/CC132/122/17280/252/62A1.150.92-1.450.23unknown490rs4939827CC/CT/TT63/143/96172/291/131C0.70.57-0.853.5×10-04unknown180Table 2. A associação entre as variantes rs10795668, rs16892766, rs3802842 e rs4939827 e câncer colorretal em população croata.
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A seguir, investigou a associação entre os genótipos em rs4939827, rs10795668, rs3802842 e rs16892766 e tumorais características em uma época e sexo ajustado modelo de regressão linear múltipla. Não foi observada associação estatisticamente significativa entre variantes selecionados e as seguintes características tumorais:. Estágio AJCC, o grau do tumor, tamanho do tumor ou a proporção de linfonodos positivos
Discussão
Neste estudo, encontramos uma significativa associação entre SMAD7 rs4939827 variante (18q21.1) e o risco de câncer colorretal em população croata. Em comparação com os homozigotos CC, risco foi aumentada em 58% em heterozigotos (TC) e 111% em homozigotos TT.
O mecanismo pelo qual rs4939827 podem influenciar o cancro colorectal envolve papel inibitório da proteína SMAD7 no crescimento transformante fator beta (TGF-β) via de sinalização [19,20]. via de TGF-β regula a inibição do crescimento e apoptose e desempenha um papel importante na iniciação do câncer e progressões [21,22].
Em uma meta-análise abrangente, temos mostrado previamente muito alta credibilidade da associação entre rs4939827 e cancro colorectal [23]. No entanto, nos estudos prévios relataram tamanhos de efeito foram na maior parte mais fraca do que o que observamos na população croata (OR
per T = 1,43). Em uma meta-análise combinada [23], encontrou um OR de (IC 95%: 1,08-1,23) 1,15 e [24] encontrou um OR de 1,18 (IC 95%: 1,14-1,22). Como se reflecte em intervalos de confiança se sobrepõem, tamanho do efeito que se observa não é significativamente diferente do que o que foi previamente relatado. No entanto, a evidência de heterogeneidade entre os estudos existe, e mais estudos maiores são necessários para determinar se as estimativas de risco diferentes surgir devido a variação aleatória, ou elas refletem verdadeiras diferenças populacionais.
Estudos onde mais elevado OU foram relatados incluem [9] que encontrou um OR de 1,37 (95% CI: 1,18-1,58) e [24] que encontrou um OR de 1,57 (IC 95%: 1,27-1,94) em 641 casos e 1037 controles da China [9,10,24] relatório um alto ou em uma população de Israel (OR = 1,48; IC 95%: 1,33-1,65), mas isso pode ser, em parte, devido à má qualidade genotipagem (genotipagem falhou em 20% das amostras e desvio significativo do HWE foi relataram) [10]. A replicação de sinais GWAS em diferentes grupos étnicos é importante como a frequência dos alelos suscetíveis a estes loci pode variar entre populações do mundo [25]. As freqüências alélicas que observamos no lócus rs4939827 na população croata (T freqüência do alelo, AF
T = 49,6%) foram muito semelhantes ao das outras populações europeias (CEU-AF
T = 44,7%; EUR-AF
T = 52,9%), enquanto que a prevalência do alelo T é menos frequente em populações asiáticas e africanas (ASN-AF
T = 25,9%; AFR-AF
T = 28,7%) (http: //www.ensembl.org).
Além disso, estudos de replicação pode ajudar a identificar os factores ambientais específicos da população que modificam o efeito de loci de risco. A relativamente forte associação entre a variante SMAD7 e CRC aqui relatados, se verificado, pode ser devido à herança genética e /ou ambiental particular, específica para a população croata. Tal exige achado estudos maiores para explorar a associação ainda mais, como a compreensão da origem do efeito mais forte nesta população pode ajudar os mecanismos de detecção de uma ocorrência de câncer colorretal e progressão, e pode, posteriormente, levar a tradução dos resultados em predição de risco mais precisas e prevenção mais bem informados deve ser encontrada a interação com o ambiente
Nós não conseguiu replicar a associação entre risco CRC e rs10795668, rs16892766 e rs3802842.; no entanto, este é pode ser devido ao tamanho relativamente pequeno da amostra [26-29] Da mesma forma, pequeno tamanho da amostra pode ser a razão por que não conseguem detectar associações significativas entre rs4939827, rs10795668, rs3802842 e rs16892766 e características do tumor (estágio AJCC, tumor grau, do tamanho do tumor ou a proporção de gânglios linfáticos positivos). Com a exceção de rs1321311, rs3824999 e rs5934683 [15], o papel da outra conhecida loci risco CRC na susceptibilidade a CRC na população croata é outra forma inexplorada [9-14].
As limitações do estudo incluem relativamente pequeno tamanho da amostra que podem ter contribuído para o nosso poder limitado para detectar associações fracas. Em segundo lugar, enquanto que os controlos eram principalmente de Split e as ilhas de Vis e Korcula, os casos foram amostrados de hospitais terciários em Zagreb. No entanto, esta não é uma questão importante para este estudo: em primeiro lugar, a população croata é pequena e homogênea; em segundo lugar, Zagreb e Split representam centros urbanos que atraem a imigração de outras regiões na Croácia, e, por último, os pacientes que procuram tratamento em Zagreb, devido à superioridade percebida dos cuidados de saúde, independentemente da sua residência.
Em conclusão, uma variante comum rs4939827 está associada com o risco de câncer colorretal em população croata. efeitos diferenciais de compreensão nas diferentes populações podem ajudar na descoberta mecanismo da doença e é importante para a tradução dos resultados arriscar previsão em diferentes populações.