Sumário

O rápido crescimento das células cancerosas alimentados por glicólise produz grandes quantidades de prótons nas células cancerosas, que mecanismos tri para transportá-los para fora, portanto, levando a um aumento da acidez em seus ambientes extracelulares. Tem sido bem estabelecido que o aumento da acidez irá induzir a morte celular de células normais, mas não as células cancerosas. A principal questão que abordar aqui é: como câncer de células lidar com o aumento da acidez para evitar a ativação da apoptose. Temos realizado uma análise comparativa dos dados transcriptomic de seis tipos sólidos de câncer, mama, cólon, fígado, dois de pulmão (adenocarcinoma, o carcinoma de células escamosas) e cancros da próstata, e propôs um modelo de como as células cancerígenas utilizam alguns mecanismos para manter o protões fora das células. O modelo consiste em uma série de anteriormente, bem ou parcialmente, estudou mecanismos para transportar para fora os protões em excesso, tais como através dos transportadores de monocarboxilatos, V-ATPase, e por um NHE facilitada por anidrase carbónica. Além disso é proposto um novo mecanismo que neutraliza protões através da conversão do glutamato a y-aminobutirato, que consome um protão por reacção. Nossa hipótese é que estes processos são regulados por condições relacionadas ao câncer, tais como fatores de hipóxia e de crescimento e de os níveis de pH, tornando estes processos codificados não estão disponíveis para as células normais em condições ácidas

Citation:. Xu K, Mao X, Mehta H, Cui J, Zhang C, F Mao, et ai. (2013) Elucidação de como as células cancerosas Evite acidose através comparativo Transcriptoma Análise de Dados. PLoS ONE 8 (8): e71177. doi: 10.1371 /journal.pone.0071177

editor: Frank Emmert-Streib, University Belfast da rainha, Reino Unido

Recebido: 24 de dezembro de 2012; Aceito: 27 de junho de 2013; Publicação: 14 de agosto de 2013

Direitos de autor: © 2013 XU et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Financiamento:. O projeto é parcialmente financiado pela dotação para a Georgia Aliança de Investigação erudito eminente cadeira que XY detém. Nenhum financiamento externo adicional foi recebida para este estudo. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

Uma das características principais de câncer é o seu metabolismo energético reprogramado [1]. Ou seja, a glicólise substitui fosforilação oxidativa para se tornar o principal produtor ATP. Um resultado direto dessa mudança é que substancialmente mais lactatos, como os receptores terminais de elétrons do metabolismo da glicose, são produzidos e transportados para fora das células. Para manter a neutralidade electro-celular ao liberar lactatos, as células libertar um protão libertado para cada lactato, a forma aniónica do ácido láctico. Isto leva a um aumento da acidez no ambiente extracelular das células cancerosas. Tem sido bem estabelecido que a acidez elevada (extracelular) pode induzir a apoptose em células normais [2], que conduz à sua morte. Curiosamente, isso não parece acontecer com as células cancerosas, portanto, dando-lhes uma vantagem competitiva sobre as células normais e permitindo-lhes a invadir o espaço ocupado pelas células normais. No momento não é bem compreendido de como as células cancerosas lidar com o aumento da acidez em seus ambientes extracelulares para evitar acidose.

Uma série de estudos têm sido publicados focada em questões relacionadas com a forma como as células cancerosas lidar com o aumento da acidez em ambos os ambientes intracelulares e extracelulares [3], [4], [5], [6], [7], [8], [9]. A maioria desses estudos se concentraram em possíveis mecanismos celulares para transportar para fora ou neutralizar prótons intracelulares, normalmente focado em um tipo de cancro. Mais importante esses estudos não amarrar tais capacidades observados e mecanismos propostos de células cancerosas para evitar acidose com o rápido crescimento do cancro como suspeitamos exista um mecanismo codificado que conecta os dois.

Temos realizado um comparativo análise de genoma escala de dados transcriptomic em seis tipos de cânceres sólidos, ou seja, mama, cólon, fígado, dois de pulmão (adenocarcinoma, o carcinoma de células escamosas) e cancros da próstata, com o objetivo de obter uma compreensão nível dos sistemas de como as células cancerosas manter o seu pH intracelular nível dentro da gama normal, enquanto o seu nível de pH extracelular é baixa. Nossa análise, focada em transportadores e enzimas, dos dados transcriptomic sobre estes câncer e seus correspondentes tecidos de controle indicam que (i) todos os seis tipos de câncer utilizar os transportadores de monocarboxilatos como o principal mecanismo para transportar para fora lactatos e prótons, simultaneamente, desencadeada pela acumulação de lactatos intracelulares; (Ii) estes transportadores são provavelmente completada por mecanismos adicionais através de anti-portadores tais como ATPases de transporte de protões em troca de determinados catiões tais como Ca

2 + ou Na

+ para reduzir a acidez intracelular, mantendo o celular elétron-neutralidade; e (iii) as células cancerosas podem também utilizar um outro mecanismo, isto é, usando glutamato descarboxilase para catalisar a descarboxilação de glutamato a um ácido γ-aminobutírico (GABA), consumindo um protão para cada reacção – Um processo similar é utilizado pelo bacteriana

Lactococcus lactis

para neutralizar a acidez quando são produzidos os lactatos. Com base nestes resultados de análise, foi proposto um modelo que liga estes processos de desacidificação com um número de genes relacionados com o cancro /condições celulares, que são, provavelmente, as capacidades intrínsecas de células de crescimento rápido usadas sob condições de hipóxia, em vez de capacidades adquiridas através de mutações moleculares.

acreditamos que nosso estudo representa o primeiro estudo sistémico focado em como as células cancerosas lidar com o ambiente ácido por meio da ativação dos mecanismos de resistência a ácidos codificados desencadeadas por câncer associado genes e condições. Estes resultados estabeleceram uma base para um novo modelo de como as células cancerosas evitar acidose.

Resultados de

1. As respostas celulares ao aumento da acidez

A degradação de cada mole de glucose gera 2 lactatos, 2 protões e 2 UPCs, detalhado asshowing a fonte do aumento da acidez quando glicólise serve como o principal produtor de ATP em células cancerosas [10] ; Em contraste, a degradação completa da glucose através da fosforilação oxidativa é pH neutro. É evidente que esses prótons extras precisam ser removidos ou neutralizados pois, caso contrário eles vão induzir a apoptose. O transportador monocarboxilato (MCT), especificamente a família SLC16A, tem sido relatada a desempenhar um papel fundamental na manutenção da homeostase do pH [11] com quatro isoformas, MCT1 – 4, desempenham papéis cruciais no transporte ligada ao protão [12], [13 ]. Estudos anteriores relataram que o MCT1, genes MCT2 e MCT4 são regulados positivamente no cancro como em mama, cólon, pulmão e cânceres de ovário [14], [15]. Também tem sido observado que bombeia um transportador monocarboxilato de fora os lactatos e os protões com uma estequiometria de 1:01 para manter a neutralidade de electrões-celular [16].

analisa Nossos dados transcriptómica um dos seis tipos de cancro adicionadas a este conhecimento de que estes genes MCT também mostram aumento da regulação em cinco dos seis tipos de câncer. A única excepção é o cancro da próstata, o qual não mostrou qualquer aumento da expressão dos genes do MCT. A Figura 1 mostra a transcrição a sobre-regulação de MCT1 (SLC16A1) e MCT4 (SLC16A3) em cinco tipos de cancro. Especificamente MCT4 mostra-regulação em quatro dos seis tipos de câncer, uma observação que não tem sido relatada antes

.

Cada entrada na tabela mostra a relação entre os níveis de expressão de um gene no câncer e do controle de correspondência, em média em todas as amostras.

Um estudo publicado sugere que MCT1 pode ser regulada por p53 [17] no câncer. Outro estudo mostra fortes evidências de que MCT1 e MCT4 são regulados pelo nível intracelular de hipóxia. Nossa hipótese é que a hipóxia pode ser o principal fator regulador da expressão ao longo dos genes MCT, que podem exigir condições adicionais, tais como o nível de pH ou a acumulação de lactatos como os fatores de co-regulação, como sugerido pelo nosso resultado da análise de transcriptomic dados de linhas celulares recolhidos em condições de hipóxia, onde os genes MCT1 e MCT4 está regulado para cima (veja a Figura 1 e Figura S1 para detalhes).

os prótons transportados para fora das células irá aumentar a acidez do ambiente extracelular . Estudos anteriores demonstraram que as células (normais) tendem a ajustar o seu nível de pH intracelular para um nível semelhante de pH do ambiente extracelular [18]. Tem sido bem estabelecido que o aumento da acidez intracelular induzem a apoptose através da activação directa dos genes de caspase, que ignora as proteínas reguladoras mais a montante do sistema de apoptose, tais como p53, conduzindo assim à morte das células normais que não parecem ter o condições intracelulares certas para lidar com o pH reduzido.

2. Mecanismos adicionais para lidar com o excesso de prótons nas células cancerosas

Temos analisado se outros genes podem ser relevantes para a remoção ou neutralização dos prótons nas células cancerosas de forma sistemática em todos os genes humanos. Nossos principais conclusões estão resumidas na Figura 1, detalhado a seguir.

V-ATPase.

transmembrana ATPases de importação muitos dos metabólitos necessários para o metabolismo celular e toxinas de exportação, resíduos e solutos que podem dificultar a saúde das células [19]. Um tipo particular de ATPase é a V-ATPase que transporta os solutos utilizando a hidrólise do ATP como a energia. Ele bombeia para fora um próton em troca de um Na extracelular

+ ou outro catião como o K

+ ou Ca

2 + para manter a electro-neutralidade intracelular. V-ATPases foram encontrados para ser regulados positivamente em vários tipos de cancro, mas os estudos anteriores tenham sido principalmente focado em utilizar o aumento dos níveis de expressão de genes V-ATPase como um biomarcador para a metástase [20] ou em utilizá-las como alvos potenciais drogas como uma forma de desencadear a apoptose, consequentemente, provocar a morte de células de cancro [20], [21], [22].

examinaram os níveis de expressão dos 19 genes que codificam as subunidades da V-ATPase, a V

0 (transmembrana) domínio eo

1 (citoplasmática) de domínio, ou seja, ATP6V0A1, ATP6V0A2, ATP6V0B, ATP6V0E1, ATP6V0E2, ATP6AP1 e ATP6AP2 V de V

0 e ATP6V1A, ATP6V1B1, ATP6V1C1, ATP6V1C2, ATP6V1D, ATP6V1E1, ATP6V1E2, ATP6V1F, ATP6V1G1, ATP6V1G2, ATP6V1G3 e ATP6V1H para V

1. Descobrimos que vários genes V-ATPase são regulados positivamente, indicando que os V-ATPases são ativos no transporte dos prótons fora. Curiosamente alguns dos genes ATPase não mostram aumento da regulação e alguns até mesmo mostrar-se-regulação no cancro da próstata (Figura 1). Um exame mais detalhado dos dados indica que a expressão do gene nos níveis de expressão reais dos genes de ATPase estão ao nível da linha de base em ambos o cancro da próstata e os problemas de controlo adjacentes, por conseguinte, os dados de mudança de dobra não são particularmente informativo. Em geral, os dados sobre o cancro da próstata parecem sugerir que o nível de acidez neste tipo de cancro não é substancialmente elevada. Para os outros cinco tipos de câncer, os níveis de alguns genes V-ATPase de expressão não mostram mudanças no câncer. Nota-se que estes níveis de expressão de genes, também são elevados em tecidos de controlo em comparação com os dados da linha de célula do tipo de tecido correspondente (dados não apresentados aqui), o que é consistente com os dados anteriormente publicados, sugerindo que o nível de acidez elevada no ambiente extracelular também pode induzir um aumento da expressão dos genes V-ATPase em tecidos normais [23]. Isto pode explicar por que alguns dos genes V-ATPase não apresentam sobre-expressão no câncer

contra

tecidos de controle adjacentes.

Então, a questão é por que as células cancerosas parecem lidar com o aumento da acidez melhor do que o as células normais. A nossa hipótese é a de que enquanto que o pH pode desempenhar um papel regulador da expressão dos genes V-ATPase, o principal regulador da V-ATPase é provavelmente mTORC1, tal como foi recentemente sugerido [24]. mTORC é um dos reguladores mais importantes relevantes para o crescimento celular, e que, geralmente, tem desregulado no cancro expressões. Para verificar esta hipótese, examinamos o nível de expressão do gene de mTORC1 (os genes GBL e FRAP1) nos seis tipos de câncer. Vemos clara up-regulação destes genes em todos os seis tipos de câncer, como mostrado na Figura 1. Portanto, em geral especula-se que ele é o efeito combinado da diminuição do pH e aumento da regulação do mTORC1 que faz com que as células cancerosas mais eficaz em bombear para fora o excesso prótons do que as células normais.

Na + -H + Exchanger (NHE).

NHE anti-porteiros representam outra classe de proteínas que pode transportar para fora prótons e troca de um cátion de manter eletro intracelular neutralidade. Examinámos as cinco genes que codificam esta classe de transportadores, e descobriram que esses genes são altamente regulado para cima nos dois tipos de câncer de pulmão. Curiosamente os padrões de expressão de mudança são altamente complementares entre genes de NHE e os genes V-ATPase em cinco dos seis tipos de cancro, especificamente sobre-regulação na mama, cólon e do fígado cancros, mas não nos tipos de cancro duas pulmonares tal como mostrado na Figura 1. Assim especula-se que os anti-carregadores de NHE podem desempenhar um papel complementar à dos V-ATPases através de regulação coordenada por um mecanismo desconhecido. pesquisa de literatura sugere que NHEs são regulados por ambos os fatores de crescimento e pH entre alguns outros fatores [25], o que parcialmente explica por que o sistema é mais ativo no câncer (afetada por fatores de crescimento e pH) do que em tecidos de controle (afetada pela pH apenas).

3. Carbónica anidrase desempenham papéis na neutralização do pH em células cancerosas

Tem sido sugerido anteriormente que anidrase carbônica (CAs) desempenham um papel na neutralização dos prótons nas células cancerosas. Por exemplo, um modelo de como as CAs associados a membrana para facilitar-transporte de protões foi apresentado [26]. A ideia-chave do modelo é que os CAs membrana ligada catalisar a reação de outra forma lenta de CO

2 + H

2O a H

2CO

3, que se dissocia em HCO

3

– e H

+ num ambiente extracelular ácida, conforme detalhado por

o HCO

3

– (bicarbonato) é então transportado através da membrana por meio de um transportador NBC [27] em o ambiente intracelular, onde ele reage com um H

+ para formar um CO

2 e H

2O; eo CO

2 é livremente membrana permeável para obter fora da célula, formando um ciclo para a remoção de parte do excesso de H

+. Veja a Figura S1 para uma imagem mais detalhada deste mecanismo.

Para verificar se o modelo é suportado pelos dados transcriptomic sendo analisados ​​em nosso estudo, notamos que (1) três CAs associada à membrana (CA9, CA12 , CA14) mostram aumento da regulação em cinco dos seis tipos de câncer (exceto para o câncer de próstata), como mostra a Figura 2; e (2) dois dos três genes NBC, NBC2 (SLC4A5) e NBC3 (SLC4A7), mostram-se-regulação em quatro tipos de câncer. Tem sido relatado que CA9 e CA12 são hypoxia-inducible em cancro do cérebro [28]. Daí que a hipótese de que todos os três CAs associadas a membranas acima são indutível por hipoxia. Além disso, nossa pesquisa bibliográfica indica que os genes NBC são pH inducible [29].

Curiosamente toda a citosólica CAs (CA2, CA3, CA7, CA13) mostram a regulação negativa, refletindo que a fosforilação oxidativa não está sendo usado de forma tão activa e, portanto, produz menos CO

2 em células cancerosas como em células normais.

4. Neutralização da acidez por meio de descarboxilação Reações:? Um novo mecanismo

Nossa busca por possíveis mecanismos de células cancerosas em deacidification levou-nos a estudar como

Lactococcus lactis

lida com os ácidos lático. Notamos que as bactérias usam os descarboxilases glutamato (GAD) para consumir um (dissociáveis) H

+ durante a reação de descarboxilação que catalisa [30], como mostrado abaixo:

A reação converte um glutamato um γ-aminobutirato (GABA), mais um CO

2. Dois homólogos humanos do GAD, GAD1 e GAD2, foram encontrados. Estudos publicados mostraram que a activação dos genes de GAD leva à síntese de GABA no cérebro humano [31], sugerindo que os genes humanos GAD têm a mesma função que o gene GAB bacteriana, i.e., catalisar a reacção para a síntese de GABA. A maior parte destes estudos foram realizados no contexto do sistema nervoso no cérebro humano, [33], [34] [32]. Especificamente, o GABA é conhecido por servir como um neurotransmissor inibidor fundamental. Além disso, as actividades de GABA ter sido encontrado em fígado humano [35]. Enquanto hipóteses têm sido postuladas sobre suas funções no fígado [36], foi estabelecida nenhuma evidência sólida sobre a sua função lá.

Temos observado que GAD1 é regulado para cima em três de seis tipos de câncer em estudo, ou seja, cólon, adenocarcinoma do pulmão e fígado, e GAD2 é sobre-regulada no cancro da próstata. Tem sido claramente estabelecido que o glutamato, o substrato da reacção acima catalisada por GAD, é elevada em cancro em geral [37]. Por isso, faz sentido supor que a reacção anterior, de fato ocorre no câncer. Isto é suportado pela nossa observação de que múltiplos em tomar transportadores de glutamato são up-regulamentados em cinco de seis tipos de cancro (ver Figura 3). Uma observação ainda mais interessante é que vários genes que codificam os transportadores de out-going de GABA são up-regulamentada em cinco dos seis tipos de câncer, indicando que as moléculas de GABA não estão sendo usados ​​pelas células cancerosas, mas sim servir uma maneira de remover H

+ para fora das células.

Atualmente, com o melhor de nosso conhecimento de dados não publicados estão disponíveis para implicar que os genes codificam o principal regulador dos genes GAD. Curiosamente, a nossa busca de possíveis reguladores dos genes GAD no banco de dados Cscan [38] revelou que FOS, um oncogene conhecido, potencialmente pode regular os genes GAD [39]. Alguns dados experimentais a partir da base de dados CODIFICAR [40] mostram que a expressão do gene GAD1 (NM_000817, NM_013445) é positivamente co-relacionada com a dos FOS na linha celular de HUVEC. A integração dessa informação, se a hipótese que o FOS, em conjunto com alguns regulador associado ao pH, regula os genes GAD, o que conduz à síntese de GABA e reduz um H

+ como um produto secundário por GABA sintetizado; em seguida, as moléculas de GABA desnecessários são transportados para fora das células. Isso pode fornecer outro mecanismo que as células cancerosas usam para manter seu nível de pH intracelular na faixa normal.

5. Um modelo para células cancerosas para manter seu pH intracelular no intervalo normal

No geral 44 genes estão implicados em nossas análises anteriores. Nossos resultados de pesquisa destes genes contra banco de dados Cscan [38] indicam que 28 destes genes são regulados diretamente pelo nove proto-oncogenes, ou seja, BCl3, ETS1, FOS, junho, MXI1, MYC, PAX5, SPI1 e TAL1; e 17 genes são regulados por dois Tumor-supressores, IRF1 BRCA1 e como mostrado na Figura 4, indicando que existe uma forte ligação entre a desacidificação e o crescimento do cancro.

Cada círculo representa um gene relacionado com a desacidificação, cada hexgon representa um oncogene e cada triângulo um gene supressor de tumor, com cada ligação que representa uma relação de regulamentação direta.

Figura 5 resume nosso modelo global para os mecanismos de desacidificação celulares e as condições associadas que podem desencadear cada mecanismo para ser ativado. Especificamente, a hipótese de que a hipóxia e fatores de crescimento podem servir como os principais fatores de regulação dos processos deacdification, portanto, tornando-os disponíveis apenas em células cancerosas, em conjunto com o nível de pH celular.

Cada cilindro representa uma bomba ou transportador utilizado para remover protões e possivelmente outras moléculas para fora da célula; e cada um bar retângulo representa uma condição que é um possível fator de regulação para a bomba ou transportador correspondente.

Discussão

Com base nos resultados de análise de dados comparativos sobre transcriptomic seis tipos de câncer, temos proposto um modelo de como as células cancerosas lidar com protões em excesso em ambos os ambientes intracelulares e extracelulares, que são gerados devido ao metabolismo energético reprogramado. Alguns dos mecanismos têm sido relatados na literatura, mas principalmente em um menor número de tipos de cancro. Nossos resultados das análises confirmaram e ampliaram os modelos anteriormente propostos. Além disso, propusemos um novo modelo com base em como bacteriana

Lactococcus

lida com uma situação semelhante. Outra contribuição do trabalho é que propusemos possíveis mecanismos de regulação que permitem que células cancerosas de utilizar plenamente esses mecanismos desacidificação codificados que não são desencadeadas em células normais.

Desde o nosso modelo proposto é baseado em dados transcriptomic única, ainda mais validação experimental de uma série de hipóteses são claramente necessárias, incluindo (i) os principais reguladores desses processos e suas relações reguladoras com os reguladores relacionados pH, (ii) o novo mecanismo proposto baseia em um sistema homóloga em

Lactococcus

, o organismo que produz lactato; e (iii) a proposta de co-transportador NBC transporta em HCO

3

– e Na

+ juntos, mas não é claro como o Na

+ é tratada em células cancerosas; e questões semelhantes podem ser perguntado sobre o Ca inported

2 + ou Na

+ por outros processos de desacidificação. Todos estes exigem uma investigação mais aprofundada tanto experimental e computacionalmente.

O nosso procedimento de pesquisa global de enzimas e transportadores que podem alterar o número de protões de forma sistemática revela-se altamente eficaz. Por exemplo, as anidrases carbónica sejam considerados possivelmente relevantes para o processo de desacidificação da pesquisa; só mais tarde verificou-se que este sistema tem sido estudada e descrita na literatura. Este resultado mostra claramente o poder deste procedimento, quando combinada com pesquisas adicionais e análises dos dados de transcriptoma, o que acreditamos ser aplicável a elucidação de outros processos relacionados com o cancro.

Materiais e Métodos

1. Dados de Expressão Gênica para tipos de câncer Six

Os dados de expressão genética para os seis tipos de câncer, (mama, cólon, fígado, adenocarcinoma pulmonar, pulmão de células escamosas, da próstata), são transferidos do banco de dados GEO [41] do NCBI. Para cada tipo de cancro, nós temos aplicados os seguintes critérios na escolha do conjunto de dados utilizado para este estudo: (1) todos os dados em cada conjunto de dados foram gerados utilizando a mesma plataforma pelo mesmo grupo de pesquisa; (2) cada conjunto de dados consiste de apenas amostras pareadas, ou seja, amostra de tecido de câncer e a amostra de tecido não canceroso adjacentes correspondentes; e (3) de cada conjunto de dados tem pelo menos 10 pares de amostras. No banco de dados GEO, apenas seis tipos de câncer têm conjuntos de dados que satisfazem estes critérios. Um resumo dos 12 conjuntos de dados, 2 conjuntos para cada cancro, é apresentado na Tabela 1.

2. Identificação de genes expressos diferencialmente em Câncer

contra

Controle tecidos

Para cada conjunto de dados utilizado neste estudo, utilizamos os dados de expressão normalizados a partir do estudo original. Como usamos os dados só emparelhados, um teste de sinal desenvolvido por Wilcoxon [42] para pares combinados, é aplicado para identificar os genes diferencialmente expressos significativos no cancro

contra

amostras normais adjacentes para cada conjunto de dados. Consideramos que um gene a ser expresso diferencialmente se a significância estatística,

p -valor

, é inferior a 0,01. Para cada tipo de câncer, consideramos apenas genes com genes para cima ou para baixo-regulação em todas as amostras como diferencialmente expressos consistentes. A mudança dobra final é calculada com base na média da mudança vezes entre as amostras e controlo do cancro.

3. Buscando relações regulatórias no

Human

Para recuperar as informações relacionamento regulação transcricional sobre os genes que estão interessados ​​neste estudo, utilizou-se um banco de dados público, juntamente com seu motor de busca Cscan (http: //www.beaconlab. it /cscan) para prever os reguladores de transcrição comuns com base em uma grande coleção de dados do chip-Seq por vários TFs e outros fatores relacionados à regulação da transcrição para o ser humano e rato [38]. As relações reguladoras foram inferidos com base em dados do chip-Seq recolhidos ao abrigo de 777 diferentes condições na base de dados hmChip [43] e factores de transcrição a partir do navegador UCSC Genome [40].

4. Relacionadas com o cancro Genes

Para recuperar os genes do câncer relacionados, especificamente genes supressores de proto-oncogenes e tumor para nosso estudo, procurou o banco de dados UniProt (https://www.uniprot.org/keywords/) usando palavras-chave, que levou à recuperação de 232 proto-oncogenes (KW-0656) e 194 genes supressores de tumores (KW-0043) em humanos.

Informações de Apoio

Figura S1. mecanismos

desacidificação em células cancerosas. Cada barra retângulo representa um transportador, enzima ou bomba de família. Os retângulos coloridos vermelhos são regulados positivamente em nosso estudo eo show verde para baixo-regulação. As setas tracejadas indicam CO

2 difusão através da membrana

doi:. 10.1371 /journal.pone.0071177.s001

(PDF)

Reconhecimentos

Agradecimentos especiais para Fei ji de CSBL Lab na Universidade da Geórgia para a ajuda neste projeto para análise de previsão estrutural da proteína. YX também graças Professor Ruren Xu de Química College, Universidade de Jilin, para discussão útil sobre questões de acidez discutidos neste estudo.