Abstract

A hereditariedade é um dos maiores fatores de risco de câncer de próstata, enfatizando a importância da contribuição genética para o risco de câncer de próstata. Até o momento, 86 variantes de risco de câncer de próstata estabelecidos foram identificadas por estudos de associação do genoma (GWAS). Para determinar se essas variantes de risco estão localizados perto de genes que interagem em redes biológicas ou caminhos que contribuem para a iniciação do câncer de próstata ou progressão, geramos conjuntos de genes baseados em proximidade com as variantes de risco de câncer de próstata 86. Nós levou duas abordagens para gerar listas de genes. A primeira estratégia incluiu todos os genes flanqueadores imediatas, a montante ea jusante da variante de risco, independentemente da distância a partir da variante índice, ea segunda estratégia incluiu genes mais próximos ao índice de GWAS marcador e variantes em alta LD (r

2 ≥0.8 nos europeus) com a variante índice, dentro de uma janela de 100 kb a montante ea jusante. mapeamento via um dos dois conjuntos de genes suportado a importância da sinalização mediada pelo receptor de androgénio em cancro da próstata biologia. Além disso, o Wnt /β-catenina sinalização hedgehog vias e foram identificados no mapeamento via para o conjunto de genes de flanqueamento. Nós também utilizamos o recurso HaploReg para examinar o loci 86 risco e variantes alta LD (r

2 ≥0.8) para os elementos funcionais. Descobrimos que havia um 12,8 vezes (p = 2,9 x 10

-4) enriquecimento para motivos potenciador em uma linha de células-tronco e uma dobra 4,4 (p = 1,1 x 10

-3) o enriquecimento de hipersensibilidade DNase em uma linha celular de adenocarcinoma da próstata, o que indica que o risco e variantes correlacionados são enriquecidos por motivos reguladores da transcrição. Nossa anotação funcional baseada em via das variantes de risco de câncer de próstata destaca o potencial função reguladora que os marcadores de risco GWAS, e suas variantes altamente correlacionadas, exercem sobre genes. Nosso estudo também mostra que esses genes podem funcionar cooperativamente em vias de sinalização chave na biologia do câncer de próstata

Citation:. Loo LWM, Fong ayw, Cheng I, Le Marchand L (2015)

In Silico

Anotação Pathway funcional de 86 cancro da próstata de risco variantes estabelecida. PLoS ONE 10 (2): e0117873. doi: 10.1371 /journal.pone.0117873

Editor do Academic: Allen Gao, UC Davis Comprehensive Cancer Center, United States