Abstract

estudos de perfil de expressão gênica diferencial levaram à identificação de vários biomarcadores de doenças. No entanto, as alterações oncogênicos em regiões codificantes podem modificar as funções dos genes, sem afectar os seus próprios perfis de expressão. Além disso, as modificações pós-traducionais podem modificar a actividade da proteína codificada, sem alterar os níveis de expressão do gene de codificação, mas provocando alterações dos níveis de expressão dos genes regulados. Estas considerações motivar o estudo da religação de redes genes co-expressa como uma consequência das alterações acima referidas, a fim de complementar o conteúdo informativo de expressão diferencial. Foram analisados ​​339 mRNAomes de cinco tipos de câncer distintas para encontrar genes individuais que apresentaram padrões de co-expressão fortemente diferenciados entre os fenótipos normais e tumorais. Nossa análise de genes diferencialmente conectados indica a perda de conectividade como uma característica topológica comum de cancro redes, e revela genes do cancro candidato novos. Além disso, nossa abordagem integrada que combina a expressão diferencial juntamente com a conectividade diferencial melhora a análise clássica via de enriquecimento proporcionando novas visões sobre os biossistemas do gene do cancro putativos ainda não totalmente investigadas

Citation:. Anglani R, Creanza TM, Liuzzi VC , Piepoli A, Pança A, Andriulli A, et al. (2014) perda de conectividade em redes Cancer Co-expressão. PLoS ONE 9 (1): e87075. doi: 10.1371 /journal.pone.0087075

editor: Filippo Castiglione, Conselho Nacional de Pesquisa da Itália (CNR), Itália