Abstract
Objectivo
Plasma miRNAs representam potenciais biomarcadores minimamente invasivas para monitorar e prever os resultados da quimioterapia. O principal objetivo da corrente de pacientes com recorrentes-consistindo estudo, resistente à platina do cancro do ovário, foi identificar as mudanças em concentrações circulantes de miRNA associados com decitabina seguido por tratamento de quimioterapia carboplatina. Um objetivo secundário foi associar a resposta clínica com as mudanças na circulação de concentração de miRNA.
Métodos
Nós mediram a concentração de miRNA em amostras de plasma de 14 pacientes com, câncer ovariano recorrente resistente à platina matriculados em uma fase II de ensaios clínicos que foram tratados com uma dose baixa do agente de hipometilação decitabina (HMA) durante 5 dias, seguido por carboplatina no dia 8. o objectivo primário foi determinar alterações associada a quimioterapia em concentrações plasmáticas de miARN. O objectivo secundário foi correlacionar mudanças miRNA com resposta clínica determinado pela sobrevivência livre de progressão (PFS).
Resultados
Setenta e oito concentrações plasmáticas de miRNA foram medidos no início do estudo (antes do tratamento) e no o fim do primeiro ciclo de tratamento (dia 29). Destes, 10 miRNAs (miR-193a-5p, miR-375, miR-339-3p, miR-340-5p, miR-532-3p, miR-133a-3P, miR-25-3p, miR-10a- 5p, miR-616-5p, e miR-148b-5p) demonstraram alterações vezes na concentração variando de -2,9 a 4 (p 0,05), em pacientes com cancro do ovário resistentes platina recorrente, que foram associados com a resposta a decitabina seguido por carboplatina quimioterapia. Além disso, as concentrações mais baixas de miR-148b-5p após este regime de quimioterapia foram associados (P 0,05). Com o PFS
Conclusões
Este é o primeiro relatório que demonstre alterou as concentrações circulantes de miRNA na sequência de um platina combinação mais HMA quimioterapia regimento. Além disso, concentrações circulantes de miR-148b-5p foram associados com PFS e pode representar um novo biomarcador da resposta terapêutica, com este regime de quimioterapia, em mulheres com recorrentes, câncer de ovário resistente a medicamentos
Citation:. Benson EA , Skaar TC, Liu Y, sobrinho KP, Matei D (2015) carboplatina com a Terapia decitabina, em Recurrent Platinum cancro do ovário resistente, altera circulação miRNAs concentrações: um estudo piloto. PLoS ONE 10 (10): e0141279. doi: 10.1371 /journal.pone.0141279
editor: Ratna B. Ray, Universidade de Saint Louis, Estados Unidos
Recebido: 27 de agosto de 2015; Aceito: 05 de outubro de 2015; Publicação: 20 de outubro de 2015
Direitos de autor: © 2015 Benson et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados
Disponibilidade de dados: Todos os dados relevantes estão dentro do papel e seus arquivos de suporte de informação
Financiamento: Este trabalho foi parcialmente financiado pelo Prêmio Cancer Institute CA133877-01 Nacional (DM), NCI-CA182832 (DM KPN), Instituto Nacional de general. Ciências médicas 5T32GM008425-19 (EAB), eo CA082709-15 P30 Indiana University Cancer Simon Cancer Center Support Center Grant suportar o núcleo Bioinformática. Os autores agradecem Eisai Co., Ltd. (Tóquio, Japão) para a prestação de decitabina, Sra Âmbar Allen, Carol Kulesavage, Nancy Menning, e Jessica Roy para a coordenação das actividades de ensaios clínicos. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito
Conflito de interesses:. Dr. Matei relatórios doações do NCI, outros de Eisai, durante a realização do estude; Despesas pessoais de Astra Zenecca, doações de US Department of Veterans Affairs, subsídios da V Foundation e doações de NCI, fora do trabalho apresentado. Dr. Benson relata doações do Instituto Nacional de Saúde, NIGMS, durante a realização do estudo. Dr. Sobrinho relata NCI e V doações de fundações. Os outros autores não têm qualquer conflito de interesse relevante. Eisai Co., Ltd. (Tóquio, Japão) fornecida decitabina para este estudo. Isto não altera a adesão dos autores para PLOS ONE políticas em dados e materiais de partilha
Introdução
Cada ano, mais de 200.000 mulheres são diagnosticadas com câncer de ovário em todo o mundo.; mais de 21.000 deles são americanos. Cerca de 15.000 mulheres americanas morrem de câncer epitelial de ovário (EOC) a cada ano; dos vários tipos de cancro do ovário, cancro do ovário seroso alta qualidade é o mais comum (HGSOC) [1, 2]. Para a identificação HGSOC, um biomarcador soro bem estabelecida, é o antigénio CA-125 (CA-125). Embora o CA-125 identifica fase primária e doença recidiva mais tarde e, em grande medida correlaciona-se com a carga da doença, CA-125, em termos de sensibilidade e especificidade, não é preditivo do risco de recaída ou resposta quimioterapêutico [2, 3]. Em geral, os biomarcadores EOC são necessárias, e miRNAs, que associado com a evolução da doença [4] circulação, pode representar uma nova fonte de biomarcadores de câncer de ovário clinicamente informativos.
Os microRNAs (miRNAs) são RNAs curtos diferencialmente expressos em muitos estados de doença, incluindo câncer. Eles alteram a síntese de proteínas-alvo, regulando a expressão do gene de pós-transcricional [5-7]. miRNAs são libertados no plasma por tecidos e tumores [6, 8]. miARNs são relativamente estáveis ao calor, em sangue e plasma [9, 10] todo. miRNAs circulantes têm sido associados com a detecção precoce e prognóstico de EOC [11, 12] e pode prever a resposta terapêutica.
de primeira linha tratamentos EOC utilizar quimioterapias platina base. Estes quimioterapias têm sido mostrados para mudar, no interior de tecidos, a expressão de miARN [13-16]. Neste estudo, as concentrações de miARN no plasma foram medidos a partir de um ensaio clínico de fase II concluído anteriormente [17]. Neste estudo, 17 indivíduos com cancro do ovário resistentes recorrente platina foram testados quanto à eficácia e tolerabilidade de um regime de combinação de dose baixa decitabina (5-aza-2′-desoxicitidina; um inibidor da metiltransferase de ADN) e carboplatina. O principal objectivo do ensaio clínico foi testar a hipótese de que o tratamento com a decitabina se resensitize tumores do ovário de carboplatina. O ensaio foi baseado em estudos pré-clínicos anteriores que indicam que a reversão da hipermetilação de DNA induz a re-expressão de supressor de tumor e diferenciação associada genes que iria restaurar a sensibilidade à platina [18]. Os resultados do estudo demonstraram a sobrevivência progressão prolongada livre (PFS de ~ 10 meses) e uma taxa promissora de taxas de resposta objetiva de 35% [17]. Aproveitando-se das amostras de plasma clinicamente anotados coletados para este ensaio, determinou-se em resposta à decitabina seguida por quimioterapia carboplatina as mudanças em concentrações circulantes de miRNAs. Em segundo lugar, mudanças de miRNA foram associados com a resposta clínica.
Métodos
População de pacientes
A fase de rótulo aberto II julgamento de resposta e taxas clínicos foram previamente descrito por Matei et al [17 ]. Em resumo, todos os pacientes tiveram EOC resistentes platina e todos, mas um paciente tinha doença mensurável, conforme definido pela Critérios de Avaliação de resposta em tumores sólidos (RECIST). O paciente com doença não mensurável tinha uma CA-125 maior do que o dobro do limite superior do intervalo normal e ascite. Todos os pacientes do estudo tinham mais de 18 anos, tinha mais de 3 meses a expectativa de vida, e teve uma performance status Eastern Cooperative Group of 0 ou 1. Os pacientes poderiam ter recebido um número ilimitado de terapias citotóxicas anteriores; no entanto, eles foram excluídos se eles tinham uma história prévia de metástases cerebrais, uma alergia a carboplatina, questões médicas não controladas, ou grau 2 ou superior neuropatia. Todos os pacientes assinaram o consentimento informado eo protocolo foi aprovado pela Universidade de Indiana Institutional Review Board.
Plano de tratamento
Cada ciclo de quimioterapia durou 4 semanas e consistiu de decitabina (Eisai, Tóquio, Japão) administrado por via intravenosa a 10 mg /m
2 por dia durante 5 dias; seguido de, carboplatina (Bristol Meyers Squibb, Nova Iorque, Nova Iorque) administrado por via intravenosa a um AUC5 no dia 8 [17]. Além disso, o PEG-filgastrim (Amgen, Thousand Oaks, CA) foi administrado no dia 9 para prevenir a mielossupressão prolongada. O tratamento foi continuado até que a progressão da doença ou toxicidade intolerável.
extracção de ARN a partir de plasma
miARNs foram extraídos a partir do plasma de acordo com um protocolo previamente publicado [9]. Resumidamente, as amostras de plasma foram descongeladas em gelo a ~ 4 ° C, e centrifugou-se a 1500 RCF, 4 ° C durante 10 minutos. Cinquenta ul de plasma foi extraído segundo o protocolo de plasma miRNeasy Qiagen (Qiagen, Valencia, CA). Após o passo de lise Qiazol, C. elegans miR-39 miARN (CEL-miR-39) foi adicionado (5 ul de 5 nM de estoque) como um controlo interno para a eficácia da extracção e normalização. Além disso, 0,3 ml de uma estoque (0,8 ug /pL) do bacteriófago M2 ARN foi adicionado por 200 ul de tampão Qiazol para aumentar o rendimento de miARN. miARNs foram eluídas da coluna de purificação duas vezes em 30 ul de ARNase /ADNase água livre (total de 60 mL) e armazenado a -80 ° C.
A análise estatística
Neste estudo piloto, o primário resultado foi a análise da diferença nas concentrações plasmáticas de miARN entre o antes e após o tratamento de quimioterapia. Todos os valores foram normalizados para o cel-miR-39 cravado no controle. O significado estatístico (valor de p) em que as comparações de grupos foi determinada pelo teste t emparelhado. No Quadro 1, a comparação da linha de base foi bicaudal t-teste. Os mapas de calor foram concluídas em software Partek usando o delta delta C
T (ddC
T) valores. Os seguintes parâmetros foram utilizados para a heatmap: nenhuma escala; o vetor de distância = Spearman; eo agrupamento = Médio. É de notar, 1 há fold-change, enquanto 2 é uma duplicação da mudança vezes.
Kaplan Meier
A progressão sobrevida livre de análise (PFS) foi conduzida com “sobrevivência” pacote em R. as amostras foram divididas em 2 grupos de acordo com o valor da mediana dos valores -delta “Delta CT”. O teste de log-rank foi realizado em R para avaliar a associação entre a concentração de miRNA (alta vs. baixa) com o tempo de progressão, e valor de p inferior a 0,05 foi considerado significativo. As curvas de Kaplan-Meier foram usadas para examinar visualmente a probabilidade cumulativa de permanecer livre de progressão ao longo do tempo para sub-grupos de miRNA.
Resultados
amostra de plasma selecção
Resumidamente, sangue total foi recolhido em tubos contendo EDTA, e em seguida centrifugado para o plasma. As amostras utilizadas para análise microARN foram recolhidos em dois momentos: na linha de base (antes do início do primeiro ciclo de tratamento); e no dia 29 após o início do tratamento (pós o primeiro ciclo de quimioterapia; figura 1). As amostras de 14 dos 17 pacientes estavam disponíveis para esta análise miRNA. Os restantes 3 amostras não foram analisados por causa de plasma insuficientes. As amostras foram analisadas após o primeiro ciclo para permitir uma análise mais cedo miRNA, o que pode fornecer evidências para a sua utilização futura na tomada de decisão clínica precoce.
Quatorze platina pacientes com câncer de ovário resistentes foram tratadas com decitabina /carboplatina numa fase ensaio clínico II. Para o primeiro ciclo de quimioterapia, decitabina foi administrada diariamente durante 5 dias; seguido por carboplatina administrada no dia 8. análise miRNA amostras de plasma usados recolhidos no início (antes do início do ciclo de tratamento) e no dia 29 (antes do início do segundo ciclo).
selecção miRNA e concentração
Noventa e três miRNAs foram selecionados para medição nas 28 amostras (14 de linha de base e 14 após o tratamento). Para selecionar os miRNAs, em tempo real qPCR miRNA OpenArrays (Life Technologies, Carlsbad, CA), que medem 756 miRNAs, foram utilizados para analisar uma amostra colectiva de base (14 amostras) versus um dia 29 de amostra colectiva (14 após amostras de tratamento). O ARN foi extraído de cada uma das amostras individuais e reunidas. Os miRNAs que eram facilmente quantificáveis e com a maior diferença entre a linha de base e no dia 29 foram selecionados para análise de amostras individuais. Os 93 miARNs seleccionados foram analisados por um PCR Taqman miARN matriz de baixa densidade costume em tempo real (TLDA) (Life Technologies). Para a análise final, dos 93 miRNAs originais, 78 tinham curvas qPCR aceitáveis. As amostras de plasma foram analisadas em cada um dos dois pontos de tempo (da linha de base e dias 29, 14 pacientes cada), e o mesmo cartão de TLDA foi utilizado para ambas as amostras. Os dados são expressos como concentrações relativas com base no C
valores T que foram normalizados para o
C
.
elegans
miRNA (5 mL de 5 milhas náuticas) cravado no plasma como um controlo interno.
As características dos pacientes
Catorze dos 17 pacientes originais em julgamento o pai tinha plasma amostras disponíveis para análise de miRNA. estado da doença foi avaliada utilizando RECIST e critérios CA-125 a cada 2 ciclos de quimioterapia. A quimioterapia foi interrompida com a gravação de uma progressão toxicidade ou doença intolerável. A progressão da doença em pacientes antes de 6 ciclos (n = 8) da quimioterapia foram considerados não-respondedores; e a progressão da doença após 6 ciclos (n = 6) respondedores de quimioterapia foram considerados. Dos respondentes, um paciente permaneceu sem doença progressiva para ~ 17 meses. Cada paciente completou o número de ciclos de quimioterapia mostrado na Fig 2. Os respondedores e não-respondedores são separadas pela linha vermelha.
Os pacientes estão numeradas e ordenadas com base no número de ciclos de quimioterapia receberam. Os pacientes foram separados por uma linha vermelha para distinguir respondedores quimioterapia e não-respondedores. Respondedores permaneceu livre de progressão da doença durante pelo menos 6 ciclos (n = 6); e não-respondedores permaneceu livre de progressão da doença a menos de 6 ciclos (n = 8). Cada ciclo foi de 28 dias de duração.
Circulação mudança miRNAs em resposta à quimioterapia
O objectivo primário do estudo foi determinar mudanças na miRNAs seguintes decitabina /quimioterapia carboplatina em circulação. Antes da quimioterapia (linha de base) e antes do início do ciclo 2 (dia 29), a concentração no plasma foram comparadas para 78 miARNs. Todos os 78 miRNA foram visualizadas usando um Spearman classificou heatmap (Fig 3; mesmos números de identificação dos doentes como na Figura 2). No mapa de calor, os pacientes tendem a discriminar, após a quimioterapia, em grupos. Três grupos de pacientes distintos foram visualizados: grupo1 (pacientes # 1, # 3, # 4, # 7, # 10 e # 11); grupo 2 (pacientes # 8, # 13 e # 14); e grupo 3 (pacientes # 2, # 5, # 6 e # 12). Os agrupamentos foram baseadas na comparação de dentro semelhanças paciente das alterações relativas em concentrações de miARN. Por exemplo, o grupo 3, paciente # 12 tinham aumentado, com o tratamento, as concentrações totais de miARN em comparação com outros doentes dentro do grupo. Paciente # 12 de concentrações miRNAs mudou nas mesmas proporções relativas, como as registradas para o paciente # 6. Assim, o paciente # 12 e # 6 foram igualmente agrupados. Como esses agrupamentos visualizadas sugere, este regime de quimioterapia pode induzir mudanças distintas em concentrações circulantes de miRNA em subpopulações.
Os pacientes são numerados (lado esquerdo da figura 3) de acordo com a convenção estabelecida, ver figura 2. Os pacientes agrupados visualmente com base em agrupamento (números vermelhos = grupo 1, números verdes = grupo 2, e em números azuis = grupo 3). O agrupamento foi baseado na semelhança entre as alterações nas concentrações de miRNA entre baseline (dC
T baseline) e após o tratamento de quimioterapia (
tratamento dC T). Azul = diminuição das concentrações após a quimioterapia, vermelho = aumento das concentrações após o tratamento.
Em seguida, as alterações nas concentrações de miRNAs circulantes individuais foram avaliadas tratamento de quimioterapia depois. Após a terapia decitabina /carboplatina como mostrado na Tabela 1 (alterações de miARN individuais do paciente mostrado na Fig S1), dois microARNs diminuição na concentração. -MiR-193a 5p e miR-375 teve respectivos dobrável mudanças de -1.7 e -2.0 (p 0,05). Além disso, a mudança dobra aumentou 1,9 (P 0,05). Para miR-339-3p
Quando o subgrupo respondedor foi analisada, 4 miARNs, miR-339-3p, miR-340-5p, miR-133a , e miR-10a, aumentado com uma gama de dobragem 1,9-4,1 (Tabela 1; Fig S2). O subgrupo de não-respondedores tinha três miRNAs decrescentes, miR-375 e miR-25-3p, miR-148b-5p. miR-148b-5p tinha maior diminuição (p 0,05) na concentração de miARN (Tabela 1; S3 figura).
Para determinar se miARNs individuais foram associados com a resposta ao tratamento, foram comparados em respondedores com não-respondedores o concentrações pós-tratamento de miARNs circulante (Fig 2). Três miARNs, miR-616 e miR-532-3p, miR-148b-5p, foram aumentadas em respondedores (Tabela 1; Fig S4). Destes miRNA, aumento de miR-148b-5p (3,2 vezes) em respondedores foi consistente com a análise de subgrupo, mencionado acima, revelando a sua diminuição na concentração (2,86) em não-respondedores.
Baixa miR-148b- 5p concentrações previu pior sobrevivência livre de progressão
em seguida, uma análise de Kaplan Meier PFS foi usada para avaliar se qualquer uma das alterações nas concentrações de miARN previu a resposta ao tratamento. Para tornar mais aplicável ao cenário clínico, os pacientes que progrediram durante o primeiro ciclo (4 pacientes) foram removidos a partir da análise. Para estes pacientes, a progressão seria observado utilizando o diagnóstico padrão, e um biomarcador preditivo seria desnecessária. Como mostrado na Fig 4 da análise de Kaplan Meier, menor (p = 0,015) concentração de miR-148b-5p no dia 29 associado com a progressão da doença. concentração de base miR-148b-5p foi baixa (Fig 4, inserção); e em não-respondedores, miR-148-5p diminuição na concentração de grande parte após 1 mês de tratamento.
Para a curva de sobrevivência livre de progressão Kaplan Meier, amostras de pacientes foram divididos em 2 grupos, o valor médio do ” -Delta “valores delta CT (valor tratamento pós subtraído do valor de referência). O teste de log-rank foi entre concentração plasmática de miRNA (alta [linha vermelha] vs. baixo [linha preta]) com o tempo de não-resposta e valor de p inferior a 0,05 foi considerado significativo. A inserção traça a matéria-C
valores T de todas as amostras de doentes para miR-148-5p, linhas tracejadas-não-respondedores, sólidas linhas-respondedores.
Discussão
nosso estudo tem várias descobertas importantes. Em primeiro lugar, a decitabina /carboplatina quimioterapia induziu alterações em concentrações circulantes de miRNA em pacientes com câncer ovariano recorrente resistente à platina. Em segundo lugar, análise de subgrupo revelou miRNAs mudou claramente em não-respondedores versus respondedores. Em terceiro lugar, miR-148-5p prevê possível evolução clínica.
mudanças de forma consistente em todas as amostras de doentes, induzidas este regime de quimioterapia em três circulam miRNAs miR-375, miR-339 e miR-193a. Destes miARN, miR-193a foi estudado anteriormente em EOC humano. miR-193a é um supressor de tumor, e a sobre-expressão de miR-193a em células humanas EOC leva ao aumento da apoptose [19]. A concentração circulante de miR-193a, no nosso estudo, diminuiu (-1,7 vezes) após o tratamento de quimioterapia. A relação entre circulante e tumor miR-193a podem justificar um estudo mais aprofundado. Alterações na circulação de miRNAs comum a todos os pacientes pode ser um marcador de conformidade quimioterapia e resposta à dose.
As mudanças observadas em concentrações circulantes de miRNA em pacientes com câncer ovariano recorrente inscritos neste estudo são semelhantes aos relatados anteriormente induzida pela quimioterapia mudanças na circulação de miARN em pacientes com melanoma. Neste cenário, miARNs circulantes predito de resposta à dose da droga a dacarbazina e o interferon-alfa-2b [20]. miRNA vezes alterações em comparação favoravelmente a -2 a 4 mudanças de dobra do nosso estudo. As mudanças dobra observados em nosso estudo parecem razoáveis e consistentes com aquelas gravadas por outros.
A análise de subgrupo revelou diferenças nas concentrações de miRNA entre não-respondedores e respondedores. Estas distinções de miARN pode ser um marcador de especificidade para um subgrupo. Na análise de subgrupo de não-respondedores, quimioterapia diminuiu dois miRNAs adicionais, miR25-3p e miR148b-5p. Sugerindo que estes podem ser específicos para um não-responder.
miR-148b-5p prevê possíveis desfechos clínicos. A concentração de miR-148b-5p circulante foi 3,2 vezes maior em nosso estudo após a quimioterapia decitabina /carboplatina em pacientes com PFS mais longos: miR-148b-5p diminuída em pacientes com PFS mais curtos. Circulating miR-148b-5p não foi relatada anteriormente; no entanto, intracelular miR-148-5p foi estudado. miR-148b-5p é abundante no tecido de cancro do ovário; mas a sua sobre-expressão não está associado com os subtipos histológicos [21]. Outros estudos têm demonstrado que as alterações na intracelular miR-148 (também chamado o miR-148a, e miR-148a-5p) expressão, localizado no cromossoma 7, estão associados com os resultados do cancro do ovário [22-27]. Para nosso conhecimento, este é o primeiro estudo a mostrar que miR-148b, que está localizado no cromossomo 12, está associado a resultados clínicos após o tratamento com qualquer quimioterapia.
Nosso estudo tem um par de pontos fortes. A primeira força era um grupo bem descrito de pacientes. Este estudo incidiu sobre mudanças induzidas decitabina /carboplatina quimioterapia na circulação de miRNA focada no câncer de ovário recorrente. Muitos outros estudos foram confundidos, por exemplo, por qualquer população de pacientes do cancro heterogéneo ou tratamentos adicionais em conjunto com a quimioterapia. Por exemplo, medindo miRNAs circulantes como biomarcadores para quimioterapia neoadjuvante em câncer de mama, um estudo incluiu cirurgia e uma população muito heterogénea, ea outra cirurgia também incluiu [28, 29]. Os resultados dos estudos não eram consistentes com o outro. No estudo com quimioterapia seguida de cirurgia, as alterações de dobragem na circulação miARN variou de 1,5 a 4. No outro estudo que incluiu pacientes com os diversos estágios diferentes de cancro da mama, os sujeitos tinham de miARN dobrar mudanças de 1 a 15000 [28] . Além disso a partir desses estudos, que circulam mudanças miRNA induzidos pela quimioterapia eram difíceis de diferenciar das mudanças causadas pela cirurgia. Uma segunda força do nosso estudo foi o período de recolha de amostras. As nossas amostras de estudo foram recolhidos no início do regime de tratamento em comparação com os estudos referidos. Nosso estudo avaliou as alterações na circulação miRNA após 1 ciclo de quimioterapia; estes estudos analisaram as alterações na circulação miARNs após 4 ciclos de tratamento. Propomos que a avaliação miRNAs circulantes depois de apenas 1 ciclo permite a tomada de decisão clínica precoce. Uma decisão inicial importante é se dar continuidade ao regime de quimioterapia corrente, ou mudar para outro regime. Esta decisão é especialmente importante para os doentes com cancro do ovário recorrente, como a progressão da doença pode ser rápida.
A questão secundária é a utilização apropriada do heatmap. Nossa heatmap visualmente grupos de pacientes identificados por diferenças nas concentrações de miRNA. Embora descritiva, os destaques HeatMap miRNAs circulantes são numerosas e potencialmente alterados pela quimioterapia. Circulando miRNAs em combinação pode ser um biomarcador da resposta à quimioterapia vale a pena explorar em estudos futuros.
Nós reconhecemos as limitações do nosso estudo, incluindo o pequeno tamanho da amostra. No entanto, apesar do pequeno número de pacientes analisados, ainda foram capazes de detectar diferenças nas mudanças induzidas pela quimioterapia na circulação de miRNAs. Nós reconhecemos que essas mudanças miRNA específicos pode ser limitada a este regime, que não é uma terapia padrão para pacientes com câncer de ovário, e que os pacientes tinham recebido previamente uma variedade de diferentes regimes de tratamento antes de iniciar este julgamento. Finalmente, este estudo incluiu um único ponto do tempo, uma limitação comum para estes tipos de estudos, e os resultados sugerem que uma análise de curso de tempo pode ocorrer em estudos futuros de mudanças induzidas quimioterapia na circulação de miRNAs.
Em conclusão , nosso estudo indica que um regime de carboplatina e quimioterapia decitabina induz mudanças em concentrações circulantes de miRNAs que podem ser preditores de resposta clínica a este regime. Nossos resultados indicam ainda que miRNAs circulantes podem não refletir diretamente a expressão miRNA tumor. Esses estudos indicam que futuros estudos com foco na identificação de circulação preditivo miRNAs de resposta à quimioterapia são garantidos.
Informações de Apoio
S1 Fig. miR-148-5p e miR-25-3p ΔΔ C
mudanças T em pacientes 1-14
O ΔΔ C
mudança T para os miRNAs significativamente alteradas com base em p 0,05 a partir da coluna “Todos os tratamentos sujeitos /linha de base” na Tabela 1 estão apresentados para os pacientes individuais (indicados no eixo-X). Red colunas de não-respondedores (pacientes 1-8); azuis colunas-respondedores (pacientes 9-14)
DOI: 10.1371. /journal.pone.0141279.s001
(TIF)
S2 Fig. miR-340-5p, miR-133a-3p, e miR-10a-5p ΔΔ C
mudanças T em pacientes 1-14.
ΔΔ C
mudança T para o significativamente alterado a partir da “comparação de Tratamento em indivíduos que respondem “coluna na Tabela 1 estão apresentados para os pacientes individuais (indicados no eixo-X). miR-339-3p, que alteraram significativamente já é mostrado na Fig S1 vermelhos colunas de não-respondedores (pacientes 1-8); azuis colunas-respondedores (pacientes 9-14)
DOI: 10.1371. /journal.pone.0141279.s002
(TIF)
S3 Fig. miR-148b-5p e miR-25-3p coluna ΔΔ C
mudanças T em pacientes 1-14.
ΔΔ C
mudança T para o significativamente alterada de “assuntos não-responsivos comparação Treatment” o em tabela 1 estão apresentados para os pacientes individuais (indicados no eixo-X). miR-375 (não mostrada), que significativamente alterada já é mostrado na Fig S1 vermelhos colunas de não respondedores (pacientes 1-8); azuis colunas-respondedores (pacientes 9-14)
DOI: 10.1371. /journal.pone.0141279.s003
(TIF)
S4 Fig. miR-616-5p e coluna miR-532-3p ΔΔ C
mudanças T em pacientes 1-14.
ΔΔ C
mudança T para o significativamente alterado a partir da “comparação de tratamento em indivíduos sensíveis” em tabela 1 estão apresentados para os pacientes individuais (indicados no eixo-X). miR-148b-5p (não mostrado), que significativamente alterada já é mostrado na Fig S2 vermelhos colunas de não respondedores (pacientes 1-8); azuis colunas-respondedores (pacientes 9-14)
doi: 10.1371. /journal.pone.0141279.s004
(TIF)
S1 Arquivo. Os dados utilizados para criar Fig 4 e Tabela 1.
doi: 10.1371 /journal.pone.0141279.s005
(XLSX)
S2 arquivo. Os dados usados para criar Fig 3 e S1-S4 Figs
doi:. 10.1371 /journal.pone.0141279.s006
(CSV)
S3 Arquivo. Os dados usados para criar inserida na figura 4.
doi: 10.1371 /journal.pone.0141279.s007
(XLSX)
S4 Arquivo. Os dados usados para criar Figos 2 e 4.
doi: 10.1371 /journal.pone.0141279.s008
(XLSX)
Reconhecimentos
Este trabalho foi financiado em parte pela National Cancer Institute Award CA133877-01 (DM), NCI-CA182832 (DM KPN), Instituto Nacional de general Medical Sciences 5T32GM008425-19 (EAB) eo CA082709-15 P30 Indiana University Cancer Simon Cancer Center Support Center Grant apoiar os Bioinformatics testemunho. Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito. Os autores agradecem a Eisai Co., Ltd. (Tóquio, Japão) para a prestação de decitabina, Sra Âmbar Allen, Carol Kulesavage, Nancy Menning, e Jessica Roy para a coordenação das actividades de ensaios clínicos.